Le CTµ offre un accès à des microscopes performants ainsi qu'à de nombreuses techniques de préparation d'échantillon. Les ingénieurs du CTµ accueillent les utilisateurs quelle que soit leur discipline : Matériaux, Biologie, Santé... Le CTµ propose l'accès aux microscopes en location, la réalisation d'études à façon, et organise également des stages de formations continues. Une approche collaborative est également possible selon les thématiques et en fonction des développements pouvant découler du sujet d'étude. Le CTµ est regroupé avec 2 autres pôles d'imagerie lyonnais, le CIQLE et le PLATIM, pour former le Lyon Multiscale Imaging Center (LyMiC), structure labellisée IBISA.